RNA綁定的DNA和蛋白相互作用: CHIRP
免疫共沉淀實驗(Chromatin Isolation by RNA Purification, CHIRP)是-種檢測體內與RNA綁定的DNA和蛋白相互作用的方法，可同時分析IncRNAcircRNA、蛋白及DNA三者互作關系。
CHIRP實驗意義
IncRNA可與蛋白質、DNA和RNA相互作用，實現多樣化功能，CHIRP可以探討IncRNA與其互作的DNA.蛋白質的功能與作用機制，是相關科學研究工作的有力工具。IncRNA的研究在表觀遺傳調控等生命活動中發揮重要作用，CHIRP是研究
IncRNA的重要技術手段，可在全基因組范圍內鑒定RNA與染色質的互作，并對其進行定性、定量及定位的分析。
CHIRP實驗原理
CHIRP (Chromatin Isolation by RNA Purification)是通過結合生物素的核酸探針，將目標RNA拉下來,與之共同作用的DNA染色體片段(DNA與蛋白質復合體)就會被吸附下來，后可以通過qRT-PCR. WB.測序分析和質譜分析等檢測RNA. DNA和蛋白質。
CHIRP的實驗流程
①探針設計:設計反義穿核苷酸探針:
②細胞培養;
③破碎細胞:
④生物素標記的DNA探針與RNA雜交;
⑤CHIRP;
⑥RNA、DNA及核酸結合蛋白提取; .
⑦分析檢測。,
結果展示
實驗完成周期及交付標準
1.實驗周期: 1-3個月
2.交付標準: CHIRP鑒定結果報告、分析報告、實驗報告(試劑、 耗材、實驗步驟)、原始數據等
實驗需與客戶確認的信息
1.目的基因與蛋白信息。
2.樣本類型與種屬
3.是否需要生信分析
參考文獻
[1]lyer S , Modali S D , Agarwal S K. The Long Non-Coding RNA MEG3 is an Epigenetic Determinant of OncogenicSignaling in Functional Pancreatic Neuroendocrine Tumor Cells[J]. Molecular and Cellular Biology, 2017:MCB.00278-17.
[2] Chu C , Chang H Y . Understanding RNA-Chromatin Interactions Using Chromatin Isolation by RNA Purification(ChIRP).[J]. Methods in Molecular Biology, 2016, 1480.
[3]ZhuJJ,FuHJ , Wu Y G , et al. Function of IncRNAs and approaches to IncRNA-protein interactions[J]. Science
China Life Sciences, 2013, 56(10):876-885.
部分實驗代做服務
ELISA試劑盒免費代檢測 | CCK8檢測 | 基因組DNA提取 | 蛋白相互作用分析 |
Western Blot | 免疫組化 | 熒光定量PCR | 動物模型服務 |
流式細胞檢測 | 細胞增殖 | 激光共聚焦 | DNA甲基化實驗 |
細胞劃痕 | 鈣離子濃度檢測 | 掃描電鏡實驗 | microRNA 測序 |
動物實驗 | Taqman探針 | ATP/ADP檢測 | 石蠟/冰凍切片 |
定點突變 | 線粒體膜電位(MMP)檢測 | 細胞生長曲線的測定 | 藥理毒理動物實驗 |
免疫共沉淀 | 真核表達載體構建 | 染色質免疫沉淀CHIP | 非標定量（Label-free）實驗 |
